Вот пример правки модуль Альфабанк, когда письмо отправляется до ухода на оплату. Сравните с оригинальным файлом /includes/modules/payment/alfabank.php Там будет видно, как делается.   Если коротко, просто код отправки письма перенести выше/ниже/ alfabank.php